ACMG：高通量测序有望作为二线筛查 辅助检测代谢疾病

2015-04-08 06:00 · 李亦奇

3月24-28日，高通美国医学遗传学学会（ACMG）的量测临床遗传学年会于在美国盐湖城举行。加州大学旧金山分校的望作为线Robert Nussbaum在会议上表示，高通量的筛查外显子组测序有望作为辅助的筛查检测，发现新生儿的辅助代谢疾病。

美国医学遗传学学会（ACMG）的检测疾病临床遗传学年会于3月24-28日在美国盐湖城举行。加州大学旧金山分校的代谢Robert Nussbaum在会议上表示，高通量的高通外显子组测序有望作为辅助的筛查检测，发现新生儿的量测代谢疾病。

四家机构最近发起了一项称为“Newbie Seq（NB Seq）”的望作为线计划，致力于探索新生儿测序的筛查方方面面。他们希望将序列数据与质谱图相结合，辅助以减少那些被误认为是检测疾病患有代谢疾病的健康新生儿数量。

Nussbaum正在评估测序是代谢否能作为手段，来增强代谢疾病的高通筛查。他认为，目前基于测序的检测并不能满足群体筛查项目的需求，找到在特定疾病上具有风险的个体。在理想情况下，筛查工具应当以低廉的价格提供高通量的结果，通过假阳性低的检测筛查出尽可能多的高危个体。

不过Nussbaum及其同事相信，测序有望作为二线检测，以便在筛查检测结果返回给医生之前减少假阳性的数量。

一般来说，先天性代谢异常的筛查是通过串联质谱的检测来完成的。这种检测关注与脂肪酸代谢疾病相关的十几种氨基酸以及酰基肉碱。尽管质谱筛查的方法已经成熟，但假阳性仍然是个问题，特别是对于NICU的新生儿，他们因为出生体重不足或早产而表现出代谢失衡。

研究小组推断，加入相关基因的序列信息，可能有助于增强NICU中新生儿的筛查特异性。Nussbaum指出，除了有望降低最终报告给医生的假阳性数量，测序和质谱分析可同时开展，而两种类型的数据从理论上加入调整后的筛查算法。

对于NBSeq项目，研究人员计划对1600个血斑样本进行外显子组测序，这些血斑来自于儿童，但去除了识别信息，包括质谱筛查获得了假阳性还是假阴性的结果。这项遗传分析将集中在大约250个基因 – 其中44个在代谢疾病中发挥作用，而数百个基因通过通路分析精确定位。

尽管最初的变异分析是在不知道个体表型的情况下进行的，但研究小组计划最终将基因分型数据与表型数据相关联。

随着测序有望作为二线筛查，研究小组也希望能够更清晰地了解那些参与代谢疾病的变异。至于研究过程中鉴定出的致病变异是否要加入NCBI的ClinVar数据库，目前还有待确定，因为这需要加利福尼亚公共卫生部门的许可。

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